Суд посчитал, что в ходе рассмотрения дела были допущены нарушения уголовно-процессуального законодательства.
Салихова оправдывали уже дважды. В январе 2006 года коллегия присяжных оправдала его по обвинению в организации теракта, тем не менее признав Салихова виновным в участии в незаконном вооруженном формировании, незаконном переходе государственной границы и использовании заведомо подложных документов.
Однако 15 июня Верховный суд отменил оправдательный приговор в части обвинения, касающейся организации теракта, отметив, что в суде первой инстанции "был допущен ряд серьезных процессуальных нарушений".
Второй раз Магомед Салихов был оправдан в ноябре 2006 года Верховным судом Дагестана на основании вердикта присяжных. Суд признал его невиновным по вcем инкриминируемым статьям.
Пятиэтажный дом в Буйнакске, в котором проживали семьи военнослужащих 136-й мотострелковой бригады Минобороны России, был взорван 4 сентября 1999 года. В результате теракта погибли 64 человека, более 100 получили ранения.
Террористы взорвали припаркованный рядом с домом грузовик, в котором было загружено три тонны взрывчатки. По данным следствия, взрывчатку на место доставил именно Салихов. Сам он признал, что перевозил грузы из Чечни, но при этом не подозревал, что это была взрывчатка. Кроме того, он заявил, что сотрудничал с боевиками по принуждению.
По делу о теракте в Буйнакске были осуждены в общей сложности семь человек. Двое из них, в том числе брат Магомеда Салихова Алисултан, были приговорены к пожизненному заключению.